《班主任工作案例教程(第2版)》选择了按照“班主任学”或“班主任工作原理”的体系来编排这些故事，是基于这样两点考虑：其一，《班主任工作案例教程(第2版)》通过故事来诠释班主任工作原理，主要是站在班主任工作研究的角度，其结构内容应该体现“学科性”，具有科学理性色彩；其二，按照“班主任学”或“班主任工作原理”的体系来分配、布局纵横交错的班主任工作问题和内容，更有利于读者以一种开阔的、系统的视野来关注班主任工作的方方面面。
除参考文献和后记外，《班主任工作案例教程(第2版)》主要是由绪论和主体两部分组成。
绪论，包括班主任工作概述和教育叙事研究方法与《班主任工作案例教程(第2版)》编写体例。
班主任工作概述简介班主任学或班主任工作原理的基本内容，以提供学习研究班主任工作所必备的“共同的基础知识”。教育叙事研究方法与《班主任工作案例教程(第2版)》编写体例则抝出《班主任工作案例教程(第2版)》所运用的研究方法和使用要求。
主体部分主要是由班主任工作故事及其学习研究问题构成。全书共四编35个主题70个故事。四编概略勾画出班主任学或班主任工作原理的学科体系，35个主题具体反映了班主任学或班主任工作原理的研究内容，70个故事则是用来“诠释”这些研究内容的。