历史同样也留下了萨迦派衰落的悲壮：当萨迦法王传至二十二代仲贡·旺堆宁布时，元朝王室内外分崩离析，随着大元帝国的覆灭，萨迦派也走向了衰败，与大明王朝关系密切的噶举派帕木竹巴逐步取而代之。影响了西藏历史进程的萨迦派验证了八思巴所说：“佛陀曾说教法会有兴衰”的至理名言，从此一蹶不振。
人类文明进程是一个浩荡奔腾的前行运动，但又决非在坦途上作直式推进。虽然萨迦教派证实雪域高原的历史随着时代的发展被另一教派所更替了，而就该派为创造中华民族的多元统一体所做出的伟大功勋是永远也无法磨灭的。
历史塑造民族、时代造就英才。萨迦派在创立、发展、壮大的过程中，产生了无数杰出的宗教领袖，诸如含辛茹苦的卓弥译师、学富五明的贡却杰布、潜心治学的贡嘎宁布、广闻博识的索南孜摩、“去东方升起佛法红日”的萨迦班智达、功德昭然的八思巴……在他们的生命历程中，除了尽心竭力地弘扬藏民族文化和藏传佛教外，还有对国家和民族命运的高度责任感。仅就这两点，就值得我们高歌赞扬。