《明代万密斋儿科全书》将万氏儿科三种删去彼此重复部分及个别繁冗论述，类编成一册，分绪论和上、下两编。绪论介绍了万密斋生平和其儿科主要学术思想。上编为医论选注，汇集了万氏儿科三种中有关四诊、辨证、治则及保育内容，并对部分内容进行了注释评按。下编为病证论治，汇集了小儿常见病证20余种，分别加以评注，并在每病证后附有万氏医案，以供验证。《明代万密斋儿科全书》以指导临床运用为主，重点突出其医理和辨证论治思想。书末附有方剂索引（按汉语拼音排列）及对《幼科全书》与万氏儿科的考证。