《中医学思想史》的编撰是中医学学科建设和发展的需要。中国历代医学家、医药卫生管理者及领导者，在叙述或记载其学术成就与管理制度时，几乎都是注重实在的理论、技术或体制职能，绝少论及其思维方法、认识论与方法论内容。中国学者关注的这些史实要点固然十分重要，然而多半忽视了哲学思想和理性层面的思考，不能不说是斗个很遗憾的缺陷。正是因为有了这样一个缺陷，它给我们今天研讨《中医学思想史》造成了很大的困难，如果作者们要给予中医学发展以哲学层次的总结，就必须从历代医学家们与医药卫生管理者、领导者的自叙、著作、学术理论，或他人叙述的医疗事迹、成绩成果、管理制度等的字里行间去寻求其思想方法的脉络或痕迹，从而结合当时哲学思潮影响去分析研讨其认识论、方法论。