《水生脊椎动物学》的编写，首先是吸取了《普通动物学》的优点，以动物进化为主线，系统讲述动物形态结构、分类等方面的基本知识和理论。但是将其代表动物尽量选用海洋或水生生活种类，如爬行网、鸟纲和哺乳纲分别选用龟、鸥和白暨豚等，以便增加更多新的专业相结合的知识。
第二，精简《普通动物学》中陆生脊椎动物的庞杂内容，代之以能有机地贯穿形态、生理、发育、行为和生态等方面的水生脊椎动物的内容。
第三，在“动物的进化研究与系统生物学的发展及有关学科概要”一章中，作者结合自己的工作经验，重点介绍现代生物技术研究成果及分支系统学和隔离分化生物地理学等系统生物学的新观点、新方法，以使学生了解当前国际上生物学的发展前沿，明确动物学知识的重点性，从而增加学习兴趣，调动学习上的主动性。