此论文集分为四个主题：一、纪念萧萐父先生；二、明清学术思想的发展脉络；三、明清思想专论；四、明清学术、思想与中国现代哲学。各篇专论是对20世纪明清学术、思想研究成果的再反思，旨在开拓出当今明清思想、学术研究新的路径。本书是在“2009年国际明清学术、思想暨纪念萧萐父先生诞辰八十五周年学术研讨会”提交论文的基础上，精选二十余篇编辑而成。

序：21世纪明清学术、思想研究方法之展望
一 百年明清话启蒙——纪念萧萐父先生
“坎坷启蒙说”对“早期启蒙说”的继承与超越
启蒙的遗产和反思
早期启蒙说的历史演变与萧萐父老师的思想贡献
伦理异化、明清启蒙与启蒙反思——论萧莛父明清启蒙说的多重涵义
“接着讲”，建构“明清启蒙学”
回忆先师萧萐父先生
二 历史乐章凭合奏——明清学术思想的发展脉络
不识吾主亦可幸福？——克里斯蒂安沃尔夫1721年《关于中国实践哲学的讲话》
明清之际的西学流播与中国本土思想的接应
明清时代对王学派的批判，
明末王学的三教合一论及其现代回响
清代思想中的“人禽之辨”
从清谈到经世：晚明思想变迁的再检讨
龚自珍论乾嘉学术：专门之学——钩沉传统学术分化的一条线索
三 见林见树费商量——明清思想专论
从工夫论的角度看刘宗周的理气合一说
萧萐父先生明清之际启蒙思想研究的启示——试论王夫之几个创造性命题
由王船山“经典诠释学”衍申的一些思考——关于“本体”与“方法”的辩证
别有清都情浩劫能无改——王夫之道教游仙诗中的故明情怀
以内丹术为功于天地——儒宗王船山与道士闵一得
“一切总归儒林”——试论黄宗羲的儒学史观
顾炎武与清代学术之转向
胡承诺的实学思想
四 活水源头何处寻——明清学术、思想与中国现代哲学
萧萐父先生与现代中国哲学史学
“心力”与机械论的影响——试探谭嗣同的伦理思想基本逻辑
简论萧萐父明清之际“早期启蒙学说”
及其当代的启示意义