《兰室秘藏》分为2l门，载医论21篇，列方280余首，内容涉及内、外、妇、儿、五官等临床各科。医论集中体现了东垣“土为万物之母，脾胃为生化之源”的理论，认为多种病证的发生均与内伤脾胃有关，强调治疗应以脾胃为本。所列诸方，如补中益气汤、清暑益气汤，升阳益胃汤等，法度谨严，匠心独运，均为后世常用的名方。
金代的李呆撰写的《兰室秘藏》充分反映了东垣学说在临床各科的经验与成就，是一部临证实用的综合性医著，对于学习研究东垣的学术思想与临证经验，具有较高参考价值。