《医古文》内容分为上下编及附录。上编为医文部分，共50篇，含医家传记、医论、杂论、医序、医经注文、医案、医话等；下编为基础知识部分；附录中有三套不同类型的模拟自测题及其标准答案和486个常用词。每课前设目的要求、。自学时数、作者与著作简介、内容提要，后设复习思考题含白文50篇；课文分段设注，注文立足详准，综释与释词兼用，注释中的重点词句加着重号。