《中医形体官窍理论与临床研究》对形体官窍理论与临床研究进行了较为全面系统的发掘整理。全书分总论和各论两部分。
总论部分，着力梳理了形体官窍理论的源流脉络，详细论述了形体官窍理论的基本特点，在此基础上提出了构建形体官窍系统理论的具体思路。
各论部分，分上下两部。上部论述形体，形体又分“五体”部分和“躯体”部分。其中“五体”部分，详述筋、脉、肉、皮、骨的有关内容；“躯体”部分，详述头面、颈项、胸胁、脘腹、腰背、四肢的有关内容。下部论述官窍，分别详述目、舌、口、鼻、耳、咽喉、前阴、后阴的有关内容。
五体、躯体、官窍相关内容，分别按形质结构、生理功能、生理联系、病因病机、诊断价值、病证疏析、医案举例等七个方面加以介绍与论述。其中五体和官窍的先后排列顺序按其木、火、土、金、水五行归属排列。