《中医方剂化学》将中医方剂配伍理论的化学研究、方剂药效作用物质基础研究、方剂不同剂型制备方法及其质量控制等方面的研究进行总结、整理，内容翔实、系统，并力求有所突破与创新，谨供从事中医药教学、科研人员参考，也是中医药相关专业研究生、本科生深造学习的有益读本。
全书分总论和各论两部分，总论阐述了中医方剂化学研究的意义与必要性，中医方剂化学研究的进展及中药复方药效物质基础研究的思路与实例。各论根据以法统方的原则分为解表剂、清热剂等16章，全书共收入古今方剂161首。每首方剂包括组成、功用、主治、方解、剂型与制法、鉴别及含量测定等。其中组成与功用项，2005年版《中华人民共和国药典》收载的方剂以其为准，药典未收载的以新世纪全国高等中医药院校规划教材《方剂学》为准；主治除中医传统病证外，还结合现代研究成果增加了现代临床适应证；方解在综合各家方书的基础上力求简明，有的又有新的阐述；剂型与制法项收入了同一组方的不同剂型及其制备方法，便于读者了解传统方剂的制剂学研究成果；《中医方剂化学》注重介绍每首方剂组成药味的鉴别与主要药味含量测定，对检测技术、方法、步骤等都有具体阐述。每首方剂后均附有参考文献，便于读者查找原始文献。