《整体矛盾发展论》为唯物辩证法、系统科学及国学和谐论融合与创新之作。为了实现三者的融合与创新，《整体矛盾发展论》首先就对唯物辩证法的矛盾观、发展观等基本观点进行了深刻的解剖，并提出了诸多有待进一步创新的方面。为了唯物辩证法的创新，笔者徐清生将唯物辩证法的发展观与系统科学思想的整体观进行了融合，进而提出了整体发展观和整体发展分析法的观点和方法。按照这种观点和方法进一步进行哲学思考而认为：（1）整体发展分析法与矛盾分析法彼此不可偏废，只有将两者综合起来才能形成科学的方法论；（2）对抗性矛盾是矛盾规律恶化的表现，不符合整体发展要求，因而不是唯物辩证法所要阐述的主题思想；（3）整体和谐、整体创生是唯物辩证法的两大主题，并且矛盾规律、整体创生与整体和谐三者具有内在的关联性和统一性，即和谐是发展的一个侧面，而和谐与矛盾则是一种表里关系。