《整体马克思(修订版)》共六章和一个导论。导论部分为马克思的学说建立了一种整体性的解读方法。第一章考察马克思在着手学说创建之前的思想前提，分析了理论期望的表露、专业化和萌发。第二章考察马克思为解决当代“往何处去”的问题，在传统领域和拓宽领域所展开的批判和理论变型。第三、四、五章分别考察和分析马克思在共产主义理想学说、唯物主义历史哲学和资本主义现实批判（政治经济学）领域所展开的理论创新。第六章是全书的总结，指出马克思学说的三重整体规定性，并分析和评论了流行于理论界的一些解读马克思的观点和方法。
马克思学说的建构过程是一个同化生成的历史整体，是从直觉逐步走向自觉的不同发展阶段的统一；马克思学说的内容结构是一个逻辑整体，是共产主义理想取向与唯物主义历史科学论证的统一；马克思学说形成的规定因素是一个成因整体，是马克思的个性、传统的理论和资本主义时代的统一。《整体马克思(修订版)》意在澄清和纠正流行于世界理论界的在马克思解读和研究上的断裂论、肢解说和片面性。《整体马克思(修订版)》在《整体马克思》第一版基础上作了较大增订和修改，增设“现实批判”一章，充实了导论部分并改写了“学说整体”一章，其他各章也有许多修改。