《王琦治疗62种疑难病》全面介绍了王琦教授从医50年来诊治疑难病的经验和精华，涉及变态反应性疾病、心血管系统疾病、消化系统疾病、泌尿系统疾病、神经系统疾病、男科疾病、妇科疾病、皮肤科疾病、外科疾病、五官科疾病及其他杂病等62个疑难病的诊治心得。其中对于常治且疗效确切的疑难病，《王琦治疗62种疑难病》采用了疾病概述、主要病机、主方分析、病例分析的编写格式，体现了其主病主方的临证思路，共计总结了44个疑难病的主方；对于不常诊治但疗效好的疑难病，采用了疾病概述与病例分析的编写格式。