南宋的總領所制度，主要功能為「監軍」與「理財」，監軍方面，總領所成為秦檜迫害韓世忠、岳飛的工具，也在中央制衡宣撫使、制置使的過程中扮演重要角色。理財方面，總領所地在各級地方官府之上，得以監督各級地方官府，使得地方官府必須仰總領所之意行事，以提供財賦為第一要務，其他治民恤民之政，則無法兼顧。故南宋百姓困於苛捐雜稅，總領所制度是重要的關鍵。