《四库全书存目丛书》是清代乾隆年间编纂《四库全书》时，将大量不符合清王朝统治需要和价值标准的历代典籍摒弃在外，仅列为存目者即达6793种、93551卷。历经300年来的天灾人祸，存目之书亡失严重，现存4000余种、6万余卷，分藏在全国200多个图书馆，三成以上已成孤本。1992年夏，中国东方文化研究会历史文化分会正式提出编纂出版《四库全书存目丛书》的计划，1992年12月23日获国务院古籍整理出版规划小组批准，列为国家级重点项目。1993年1月组成了《四库全书存目丛书》编纂出版工作委员会，由季羡林担任总编纂，有全国50多所大学和研究机构以及台湾、日本、美国等地的近百位文史专家和古籍学者参加的《四库全书存目丛书》编纂委员会，开始编纂工作。
但存目之书珍品杂陈，琳琅满目，为尊重历史、保存文献，1992年中国古籍整理委员会提出搜辑影印《四库全书存目丛书》，编纂出版工作于1997年10月全部完成，历时五年。该书共收录散藏于国内外116所图书馆、博物馆及少数私人藏书家手中的四库存目书4508部中，其中宋刻本15种，宋写本1种，元刻本21种，明刻本2152种，明抄本127种，清刻本1634种，清抄本330种、稿本22种，有三成以上为孤本或稀见本。分为经、史、子、集四部，其中经部收录734种，史部收录1086种，子部收录1253种，集部收录1435种。卷帙浩繁，洵为大观。 1997年10月由齐鲁书社影印出版，16开精装1200册。