《戊戌变法文献资料系目》所采用的文献资料，一般按较原始的文本和出处入录。关系比较重大的文献（如光绪密诏），有不同的流传文本，且这些文本本身与变法活动有室要关联，则尽量将这些不同的文本分别予以收录。某些重要事件（如光绪会见伊藤博文、康有为在香港与记者的谈话等），中外报刊报道时各有侧重，《戊戌变法文献资料系目》亦尽量兼容，以便研究者比较。