《西学东渐记》包括总序，自序，附录，后记和二十余章内容。字里行间无不无不洋溢着作者的爱国思想民。《西学东渐记》前五章缕述。我赴美国前的早期教育，以及到美国后的继续学习，先是在马萨诸塞州芒森城的芒森学校，后来在耶鲁大学。
第六章从我出国八年后重返中国开始，一向被当作西方文明表征的西方教育，如果不能使一个东方人变化其内在的气质，使他在面对感情和举止截然不同的人时，觉得自己倒象来自另一个世界似的，那不就可怪了吗？我的情况正好如此。然而，我的爱国精神和对同胞的热爱都不曾衰减；正好相反，这些都由于同情心而更加强了。因此，接下去的几章专门用来阐述我苦心孤诣地完成派遣留学生的计划：这是我对中国的永恒热爱的表现，也是我认为改革和复兴中国的最为切实可行的办法。
随着中国留学事务所的突然撤销和已经成为中国现代教育先行者的一百二十名留学生的召回，我的教育事业也从而告终了。