《微生物分子生态学》系统探讨了微生物与环境之间的分子生态关系，充分体现了环境造就生物，生物改造和修饰环境的基本原理。《微生物分子生态学》共分8章，核心是外界环境因子对微生物产生的环境分子生态效应和微生物对环境适应的遗传分子生态效应；微生物在机体内环境的分子生态现象体现在它们之间的信息交流，进一步阐明微生物感染与免疫，以及肿瘤病毒致癌的分子机制；病毒的分子生态涉及生命分子在细胞环境中的特殊生命状态，占据了较大的篇幅。
《微生物分子生态学》为污染环境的生物修复、生态整治以及健康医学提供了理论基础，可供生物学、医药学、农学等领域从事微生物学、病毒学、分子生物学、生态学的科研、教学人员和研究生参考。