本报告以入世为背景，认为新的形势不仅要求我国的科技发展战略发生相应的转变，也对我国的政府科研经费运行机制提出了更高的要求，进而提出要在符合公共财政和WTO规则的前提下，加大科技投入，努力提高我国原始创新能力。此外，科技部中国科技促进发展研究中心2002年的调研报告《支撑国家创新体系建设的科技投入政策研究》也直指我国目前科技投入体系的弊端，认为我国的科技投入方式和投入结构都必须进行调整和改变。
本书将以上述研究成果为借鉴，依据新的理论分析框架，通过全方位的现状分析和国际比较，提出既适应新形势又适应我国国情的政府科研经费运行机制。