全文共分三篇十一章，其研究思路与篇章结构如下。
第一篇为理论与历史。通过对制度及制度创新理论的回顾与检视，科学界定研究对象的概念范畴，探索总结农业家庭经营制度历史变迁的特点和规律以及我国农业家庭承包制的创新机理，目的在于为理性认识当代中国农业发展过程中的经济现象和突出问题以及农业家庭经营制度创新设计奠定理论基础和提供历史经验。
第二篇为现实与问题。本篇主要从制度成本和制度效率的研究视点对农业家庭承包制创新以来农业家庭经营制度及其效率特征进行理论分析和效率评判，其目的在于为农业家庭经营制度创新设计提供认识前提和实践依据。
第三篇为设计与动作。从社会主义市场经济建设的要求出发，以提高农业家庭经营制度效率为中心，以农业家庭经营的专业化、商品化、社会化和现代化为任务和目标，并在充分考虑到农业家庭经营制度结构的整体性、关联性和耦合性特点和要求的基础上，以第七章至第十二章的篇幅对农业家庭经营制度创新的目标模式、具体内容、动作策略以及改革进程署进行总体设计，以便为农业家庭经营制度创新实践提供一整套具有可操作性的改革方案，并试图在效率比较的意义上对创新设计作出理论诠释和说明。