南京城共开十三座门，由于城池形状不规则，城门朝向也各异。从东按顺时针算起，各门各称依次为：朝阳、正阳、通济、聚宝、三山、石城、清凉、定淮、仪凤、钟阜、金川、神策、太平，各门皆设城楼。为维持城内水系与城外水系的流通，在城墙东西两侧各设一道水关，派军卒在此守卫，以策安全。神策门筑有突出城外的外瓮城；通济、聚宝、三山、石城等门筑有深入城内的内瓮城；其余各门虽未建瓮城，但可以利用城门附近的弯曲城墙和地形，组织侧射火力来掩护城门。正南方聚宝门（今中华门）的内瓮城规模最大，其平面呈“目”字形，由一道主城墙和三道横向城墙连结而成，设有四道城门；在墙体和登城马道基座内建有可以埋伏兵员的藏兵洞。类似这样的藏兵设置全城还有二百个，称之“窝铺”，可以掩护万余兵员以及储藏兵器、粮草等。由此可以看出朱元璋的良苦用心，如果不是他这种亲自带兵南征北战的人，很难想出如此实用的筑域措施。