《水稻遗传学和功能基因组学》系统地阐述了水稻经典遗传研究，分子遗传学研究与基因组研究的理论基础、实验方法、研究方法、研究进展以及发展方向。《水稻遗传学和功能基因组学》共分6篇：第一篇从丰富的水稻遗传资源着手，论述了遗传规律分析方法及重要基因的遗传特点；第二篇论述了近二十年来掀起的DNA分子标记技术，及其在基因／QTL定位和品种改良中的应用；第三篇介绍了遗传图、物理图的构建及全基因组测序的策略，展现了水稻籼、粳二个亚种的全基因组测序的分析结果；第四篇从创建水稻突变体库的方法入手，论述了当前最热门的基因图位克隆和功能分析及一些重要基因的克隆；第五篇为生物信息学在水稻功能基因组学研究中的重要论述；第六篇介绍了水稻转基因技术、方法及其在品种改良中的应用。