由于历史及文化背景的原因，日本的藏书家（藏书机构）的情况及其藏书印鉴的风格等都与中国有很大的不同。为了向广大读者展示这些特点，《日本藏书印鉴》一书的作者林申清先生以数年之功，亲历日本，收录了日本百余家官、公、私藏书机构（藏书家）、藏书印鉴四百余方，较为全面地反映了日本明治维新以前的著名藏书家和主要藏书机构的整体面貌。为了便于读者了解日本官、公藏印大略，该书在每个藏书机构下，均附有介绍该机构藏书授受源流的小文；私家藏书则附有印主的简单传略，包括姓名、字号、履历、著作等。全书最后还附有印主姓名笔画索引和印文四角号码索引。
该书为朱、墨双色印刷，内容丰富，图文并茂，不仅直观地反映了我国藏书印鉴艺术在日本的继承和发展，更为版本学者、中日文化交流史研究工作者提供了不可多得的佐证和参考。