《徐闻珊瑚礁及其生物多样性》的编写内容主要是根据近几年的调查资料，阐述徐闻珊瑚礁自然保护区的生物生态特点、海洋生物多样性、海洋自然保护区管理等当前热点议题，以期社会各界能更多地关注徐闻珊瑚礁。《徐闻珊瑚礁及其生物多样性》共分12章，每章围绕一个主题展开。第一章总论徐闻珊瑚礁的总体情况，包括徐闻珊瑚礁与海洋环境、徐闻珊瑚礁的特色、主要威胁与保护；第二章介绍了徐闻珊瑚礁保护区的自然环境，包括了保护区的地理位置及地质地貌、海洋气象与水文等；第三章与第四章全面阐述所获得的浮游植物与浮游动物的调查结果，以揭示该保护区内的丰富的浮游生物类群及其多样性；第五章着重介绍该区的底栖动物，显示了该区丰富多样的海洋底栖生物资源；第六章则展示出该区丰富的渔业资源；第七章着眼于珊瑚礁保护区的水环境质量的调查、评价与监测措施等；第八章与第九章全面阐述了保护区的石珊瑚和柳珊瑚的物种资源丰富性和生态多样性；第十章重点介绍了徐闻珊瑚礁海岸景观；第十一章则采用生态模拟方式分析环境变化对徐闻珊瑚礁的影响；第十二章介绍徐闻珊瑚礁保护与管理，预测保护区在管理过程中将遇到的问题和应及时采取的应对措施。