改革是当代中国出版业的主潮，三十年问大潮迭起，而巢峰同志总是挺立潮头，成为中国出版改革最早的探索者和实践者。对于改革的终极目标，巢峰同志非常明晰，是实现两个效益的平衡、协调发展。对于长期困扰出版业的体制转型这一核心问题，他不仅有理论层面的深入思考，更有实践层面的大胆推动。他从战略管理、市场运营、人力资源、企业文化等诸多方面，大处着眼，谋划布局，还具体设计了出版社体制改革的方向、路径、步骤，强调关键是塑造市场主体，激活竞争，建立客观、公正的绩效评估体系。他亲自主持领导了上海人民出版社、上海辞书出版社的组织重造、流程变革、绩效评估等工作。他熟知当代国际出版业购并、重组的外在趋势与内在动力，认定规模化、集约化是中国出版改革步入市场化的重要方向，但必须以产业思路来推动集团化建设，处理好行政推动与经济推动、“大船”与“小船”、横向与纵向、综合与专业、主业与他业、规模与效益的关系，尤其要处理好政府与集团的关系。他深知中国出版改革的艰巨性，一是传统体制、观念的惯性难以短期突破，出版改革出现诸多方面的“二律背反”的“疑难杂症”；二是新媒体的迅速崛起，人们的资讯生活、媒体消费发生了巨变，图书供给与需求的平衡正在发生倾斜。2005年，他还提出了中国出版业出现“膨胀性衰退”的命题，强调要通过出版改革来解决这一问题，从而激起了业内热烈的讨论。