《中国少数民族教育史教程》是根据费孝通先生中华民族多元一体格局的理论来编写的。教材采用历时性和共时性纵横交错的结构来谋篇布局。在纵向的时间布局方面，根据学术界一般公认的把中国历史划分为古代、近代和现代的历史分期方法，《中国少数民族教育史教程》分为三编，即：中国少数民族古代教育史（远古至1840年鸦片战争）、中国少数民族近代教育史（1840年鸦片战争至1949年中华民国结束）和中国少数民族现代教育史（中华人民共和国时期）。在横向的空间布局方面，根据民族学界经济－文化类型学说和地域文化分类法，《中国少数民族教育史教程》在每一编里安排五章，按照东北、北方、西北、西南和中东南的顺序，分别书写各地域的少数民族阶段教育史。