《药物蛋白质组学》主要介绍蛋白质组学的基本理论、主要研究内容作在医药研究中的作用。分为两个部分，第一部分为基础理论，共有九章，其中第一、二章介绍了蛋白质组研究产生的基础、发展的历史、取得的成就以及目前还存在的问题。第三、四、五、六章分别对蛋白质研究中常用技术双向凝胶电泳、生物质谱、蛋白芯片、酵母双杂交的基本原理的操作方法等进行了详细的介绍。第七章介绍了如何将生物信息学在蛋白质组研究中加以应用。最后第八、九章介绍了蛋白质组在医学和药学领域的应用。第二部分为蛋白质组研究中的实际操作和部分疑难问题的解决。