《恽铁樵医书四种》由《保赤新书》、《温病明理》、《生理新语》和《脉学发微》四书组成。《保赤新书》八卷。卷一载有小儿难育之故与胎教、卷二述天花症状、发病周期以及种痘、鼻苗、牛痘等，卷三至卷四列痧疹、痧子病症，痧疹用药以及痧子最要药、次要药、不可用药，卷五至卷八发明惊风原理。对痘症治疗主张初期宣肺疏表，中期解肌透疹，后期养阴清化。提出麻疹顺逆辨别及治疗。《温病明理》提出寒温不同，阐述温病的概念、对三焦的认识等，其中有中西医汇通的观点，对清代温病学派多有批评。
《生理新语》以《内经》为基准，以西医生理学为蓝本，结合临床治病经验，阐述中西医学概况、细胞学说、神经学说、腺体学说等，力图阐述中西医结合的新生理学。《脉学发微》四卷，主要阐述作者对脉学的认识。卷一为导言、色泽、呼吸，卷二介绍脉学概论及原理，卷三重点阐释促、结、代脉，卷四释浮、沈、迟、数诸脉。