《中国伊斯兰百科全书》参照当代世界编纂百科全书的通例和经验，在条目选择、知识结构体系、条目分类、编纂方式及检索系统等方面力求简明、完备和科学化。条目的收集范围，古今中外兼有，以伊斯兰教基本知识体系为核心，兼收b伊斯兰文化有密切关系的学科知识，由世界伊斯兰教和中国伊斯兰教两大部分条目组成。全书按本学科的体系和知识结构层次，分别设立大、中、小和参见条四类不等的条目。大条是全书的主要骨架，体现知识的系统性、综合性和学术性；中条体现知识的层次性和覆盖面；小条体现知识的广泛性和普及性；参见条体现可检索性和可读性。各类条目，有纲有目，纵横交错，相辅相成。其基本内容包括：伊斯兰教传播、发展的历史和现状，基本信仰，经训典籍，教义学说及社会思潮，教法制度和礼仪，派别与社团组织，中外人物，历史事项，圣地寺院和古迹，各国伊斯兰教及传播地区，文化教育，主要穆斯林民族，常用术语等部分。在伊斯兰文化方面，介绍了伊斯兰教的宗教学科、哲学、伦理、史学、文学、艺术、建筑、语言、文字、书法及各门自然科学等方面的知识。全书以思想、文化史为主线，贯穿于各类条目中。