生态足迹方法在被广泛、深入应用的同时，也暴露出许多问题和不足，主要问题是，按照现有的生态足迹方法进行研究，国内外绝大多数的应用研究结果对其评估对象都不能做出正确评价，影响了生态足迹方法对国家和区域了持续发展的政策制定和实践指导的作用，究其原因，主要是现有生态足迹理论与方法最初的研究对象是整个地球，将全球生态系统视为封闭系统，既人们生态系统中取得的生物产量和人们消费的生物生产灵是相等的，但将生态足迹方法原封不动地应用于国家或地区时，其结果就不能正确反映实际情况，因为国家或地区是一个开放的复合生态系统，生态足迹理论与方法没有把研究对象—区域当作是社会经济自然符合生态系统，不能完全反映人类对自然生态的影响，不能完整反映自然生态系统的服务功能，没有考虑社会经济系统对人类生存与发展的支撑作用，等等，因此，生态足迹方法必须改进和完善。