《南京文化的劫难(1937-1945)》在吸收借鉴已有研究成果的基础上，试图以更多的新史料去求证。新资料有日本的、中国台湾的，更多的是中国第二历史档案馆、江苏省档案馆和南京市档案馆的。史学研究，既要求实，也要创新。《南京文化的劫难(1937-1945)》与已有的成果相比，在以下几方面做出了新的努力：一是发掘和利用新资料。如，第一次以翔实的数据说明南京市图书馆被毁的总损失。在日本归还中国的图书中，新发现有金陵大学图书的数量和目录，确证日军掠夺南京图书无疑。这为以往研究所未见，也鲜为日本研究者所注意。第一次研究得出江苏国学图书馆馆藏名人手札的详细损失。二是确立了新的研究专题。如民间藏书损失、政府部会机关图书馆损失、书业及印刷业损失、中央研究机构损失等，为以后研究提供了线索和思路。三是对一些史料进行考证，澄清了一些不正确的认识。如对《南京市抗战时期公私文物损失数量及估价目录》的成文时间以及数据可靠性进行考证和辨析，对以往将支那内学院和金陵刻经处损失混为一谈的误解予以澄清。四是利用日军官兵日记以及日本档案，剖析了南京文化浩劫与日本军政当局的关联。五是利用汪伪档案，结合战后敌伪文物的封存和清理，增强研究的科学性。特别是疏理了文化损失研究中应该注意的若干问题，为今后的研究提供建议。