《药盦医案全集》共八卷，成书于1928年，系恽氏生平临证之验案辑录，由门人顾雨时、李鸿庆、仲添澜编集，章巨膺增选。于1936年辑入《药盦医学从书》。卷一伤寒门；卷二温病门；卷三风病门，分神经病、肝胃病二类；卷四杂病门，分水肿、臌胀、噎膈、喘咳、黄瘅、泄泻、疝气、失眠、消渴、湿热十类；卷五虚损门，分肺病、咳嗽、吐血、遗精、瘰疬、肾病六类；卷六时病门，分疟疾、痢疾、喉疾、麻疹、霍乱、脑炎、肝阳七类；卷七妇科门，分经带、胎前、产后，癥瘕、杂病五类；卷八小儿门，分惊风、天痘、痧疹、咳嗽、食积、泄泻、杂病七类。是书多连续记载危重疾病诊治经过，凡成功与失败案例均详细记述，可资临床借鉴；对于制方用药。亦具卓识，认为病浅者不以悍药创其正，病重者竟以猛剂去其毒。对临床颇有指导。现存1936年上海章巨膺医寓铅印本。