《马克思主义哲学中国化:历史与反思》分《导言》、《总论》、《思想历程》、《反思与探索》、《简短的结语》五个部分。《总论》编明确地提出了《马克思主义哲学中国化:历史与反思》的基本思路和基本观点，着重阐发了马克思主义哲学中国化研究的意义、内涵和前提性问题，以详实的材料和严密的分析集中批评了马克思主义哲学中国化“不可能”和“不必要”的观点，论证了毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观的世界观方法论基础就是中国化的马克思主义哲学，即具有时代特征和民族特征的与时俱进的马克思主义哲学。《思想历程》编按照从马克思主义哲学传入中国到现在的时间顺序，详细分析了一系列代表性人物和代表性阶段在马克思主义哲学中国化历程中艰辛探索和开拓创造的足迹，显示了马克思主义哲学在中国化过程中的继续和发展。《反思与探索》编在前编历史回溯到的基础上进一步探讨了马克思主义哲学中国化研究中的方向和方法问题，强调必须以中国现代化问题为中心，在实践中坚持和发展马克思主义哲学，在当前特别要重视从马克思主义哲学中寻找建构社会主义和谐社会的思想资源。《简短的结语》以马克思主义哲学与当代中国哲学的创造作为全书的结论。