《农业微生物生态学》结合现代生态学研究和微生物特点，从微生物的生态学角度阐述了研究微生物生态学的基本方法，微生物_的基础生态学理论，自然环境中的微生物种类与分布，以及极端环境微生物学；自然环境中的微生物之间以及微生物与生物之间的生态关系，微生物种群和微生物与动植物群落的相互作用、微生物的生物地化循环问题、微生物与环境污染物之间的相互作用、微生物生态学原理与能源和清洁生产关系、微生物生态学与环保及环境处理。重点论述微生物与植物之间的生态关系，微生物在植物营养元素循环中的作用以及对植物的影响，阐明微生物在植物生产中的重要作用；污染环境中的微生物生态学及微生物生态学在生产实践上的具体应用。