《医药分子生物学实验教程》在内容体系上划分为基础部分和学生实验部分。基础部分系统地介绍了实验室安全知识、常规分子生物学仪器操作和实验技术基础知识；学生实验部分则以基因克隆到表达的基本顺序作为主线，分为核酸制备、基因克隆和基因表达三大部分，包括目的基因的分离、RT-PCR、基因克隆、重组筛选、质粒提取、酶切与鉴定、转化以及在大肠杆菌中的表达和检测等21个互为连贯的实验。另外，《医药分子生物学实验教程》的附录部分汇集了医药分子生物学实验的常用数据和相关技术。