本书尝试借由探究科学及圣经的两种自然观的本质、目的及其局限性，以及这两种观点彼此间的相关性，来厘清歧见和误解。本书第一部分从历史入手，通过哥白尼、开普勒、伽利略及牛顿的生平及科学成就，描述十六与十七世纪的新兴科学如何从旧有的哲学与宗教权威中得到解放。作者不仅关注革命性的科学思想，也不忽略科学人物的生命历程。第二部分介绍圣经描述自然的方法。作者通过尝试检视一些解释不同圣经文体的原则，来解决圣经与科学的“冲突”。第三部分则把以上的这些领悟应用于当前“创造论科学”与进化论之争上。作者希望通过本书，激发读者的思考，澄清种种误解，表明科学与神学互补的关系。

第一部：现代科学兴起之慨况：
第一章：希腊科学：亚里士多德与阿基米德
第二章：哥白尼：太阳与地球
第三章：开普勒：行星轨道
第四章：伽利略：物理学与天文学
第五章：伽利略：科学与神学
第六章：牛顿：万有引力
第七章：现代科学：一个新视野
第二部：圣经的自然观
第八章：释经
第九章：神迹与科学法则
第十章：《创世记》第一章：宇宙的起源
第三部：冲突与协调
第十一章：变化的世界：地质学与生物学
第十二章：创造论与科学之争
第十三章：连结：神学与科学
终曲：帕斯卡：基督徒科学家