《合作创新激励研究》从人的机会主义行为假设出发，运用激励理论和机制设计方法，系统地研究了合作创新活动中合作当事人目标不一致且信息不对称情况下的逆向选择问题和道德风险问题，并进行相应的契约和机制设计来加以防范，为我国的合作创新实践提供了有一定现实意义的理论参考。合作创新的机制设计是《合作创新激励研究》的重点内容，主要分析合作当事人之间的契约设计和风险防范，以及政府如何采取措施激励合作创新行为。分析表明，带有提成费的契约设计既有信号显示的作用，从而可以防范逆向选择行为，又有激励当事人努力的作用以遏制道德风险；政府除了鼓励和支持合作项目以外，最重要的激励措施就是健全法规、进行产权激励以及提供公共技术服务。如何进行合作创新才能取得良好的合作效果？这是理论界和实业界共同关注的焦点问题之一。