《主要污染物总量减排核查核算参考手册》主要讲述了：主要污染物总量减排，是贯彻落实党中央、国务院科学发展观重要思想的切入点和抓手，是促进我国经济增长方式转变的战略措施，也是“十一五”乃至今后一个时期我国环境保护的重要工作任务之一。
为了保障主要污染物总量减排取得实效，国家出台了一系列重要政策措施。对各地主要污染物总量减排工作进行督查核查，通过对主要污染物总量减排的核查和核算，如实反映各地主要污染物总量减排、环境质量改善等工作进展情况，根本目的在于督促地方各级人民政府贯彻落实科学发展观，切实履行主要污染物总量减排的主体责任，保障社会经济又好又快地持续发展。
按照党中央、国务院的要求，国家环境保护行政主管部门近年来陆续发布了《“十一五”主要污染物总量减排核查办法（试行）》、《主要污染物总量减排核算细则（试行）》等重要文件，使污染减排核查核算工作有了指导和依据。
主要污染物总量减排的核查核算，是一项政策性、专业性很强的工作。通过两年多来核查核算的工作实践和大规模的业务培训，各地对这项工作有了一定的了解和掌握。但在实际工作中，一些地方仍然存在对国家污染减排相关政策、核查方法以及核算办法的认识和理解不够准确等问题。