《行政诉讼证据合法性研究》在研究中的五处难点和创新之处在于：界定诉讼证据及与证据属性的关系；揭示证据属性之间的关系以及它们在证据认定过程中迥异的作用方式；行政诉讼证据合法性内涵之界定；非法取证、证据合法性、违法取证之间关系的揭示；构筑行政诉讼证据合法性独特规则案卷排他规则和禁止单方接触规则；提出了改革我国行政诉讼证据制度之具体方案。证据合法性问题，本质上是法治诸价值间的冲突和协调，包括了实体正义和程序正义之间、目的合法和手段违法之间、保护自身权益和不侵犯他人权益之间、保护合法权益与维护法律秩序之间（过度的排除导致法律秩序维护不力）等多种多层次的冲突和协调。