在《钦定学政全书校注》的整理过程中，编者先对原文加以新式标点。按原书除弁首的两道礼部奏折外，正文之右侧l已有前人圈识，但十分粗略，且舛误极多。书中许多谕旨及臣工条奏、礼部议复，内容颇长，未曾分段，也都据文意进行了适当分段，以利于读者阅读。此外，对原文排版中出现的一些错误，甚至是原文的一些疏漏，也都进行了悉心的校正，并加以注释说明。在此基础上，对《钦定学政全书校注》中所涉及的典章制度、名物掌故等也都尽可能详尽地作了注释。