《龙图腾》主要讲述了：宇宙邪恶之神蚩尤征长眠之后即将苏醒，人类面临空前浩劫。在龙族国的帮助下，盘古族的智者少典组成一支探险队，前去找寻传说中的神龙，并希望借此彻底打败蚩尤。探险队首先到达与蚩尤邪恶帝国相邻的古老森林，不料遭到埋伏在那里的蚩尤怪兽的追杀。几经周折之后，探险队穿越扼守夏尔第一时空与第二时空的时空之孔，来到盘古族祖先迁徙中留下来的族人建立的大禹国。
大禹王告知少典，神龙隐匿在黄金大陆尽头，要想到达那里，必须首先经过敌对的共工族的势力范围。探险队借助盘古技法化装混入共工族押运罪犯的官船，并在桃源国小矮人的帮助下到达黄金大陆尽头。在迅如闪电的雪国时间之袍的帮助下，他们抵达盘古族大部所在的阿达星，令他们吃惊的是，盘古族人和神龙早已不知去向。
眼看蚩尤已经开始苏醒，而他手下的帮凶早已磨刀霍霍，大开杀戒，难道少典他们不远万里、历经千辛万苦的寻龙之旅到头来只是一场空？难道他们就只能眼睁睁地看着龙族生灵横遭涂炭，从此陷于万劫不复的深渊？