《农区生物多样性编目(套装上下册)》主要对象是中国农区重要生态系统与生境分布区点，并在有关的概述中简述了农区重要物种和遗传资源概况。根据当前国际上对农区（农业）生态系统应包含的内容的理解，《农区生物多样性编目(套装上下册)》选定了9个专题（领域）在全国26省（自治区）范围内（西藏与台湾未能参加）开展了实地调查研究和文献查询，筛选了702处能代表我国农区重要生态系统与生境的地点，以“条目”形式对这些地点的地理气候状况，生物多样性状况和对农业的重要性，生物多样性受威胁的程度、原因和对策进行了描述。所有条目按9个领域进行分类，归纳为18章，每个领域各分为两章来归纳，前一章是该领域的全国概况综述，后一章为与该领域有关的各地重要分布区点的描述（条目）。