《植物蛋白质组学》全书共十四章，其中第一至第七章主要介绍蛋白质组概念、产生背景、重要性和蛋白质组学关键技术（包括双向电泳、高效液相色谱、蛋白芯片、生物质谱、定量蛋白质组学技术、蛋白质与蛋白质相互作用和蛋白质组学相关数据库）；第八至第十三章主要介绍蛋白质组学技术在植物生物学研究中的应用及研究进展，研究内容涉及植物遗传多样性、植物发育（包括种子发育）、植物逆境（包括生物逆境和非生物逆境）和蛋白标记与PQL；第十四章主要介绍双向电泳和质谱技术操作指南及相关说明，便于初学者了解双向电泳技术和质谱技术的一般操作程序。另外，《植物蛋白质组学》增加了附录，包括双向电泳完整的操作步骤、聚丙烯酰胺凝胶电泳凝胶的配置、细胞样品的一般处理步骤、组织样品的一般处理步骤及蛋白质和蛋白质组相关数据库，主要供负责具体操作的实验人员参考。《植物蛋白质组学》适用于大专院校农林及生物学专业的师生和相关科研院所的科技人员。