《海峡两岸检验检疫制度研究》由正文和附录两大部分组成。正文分为两编七章，对台湾出入境检验检疫制度进行了比较全面的介绍：第一编有四章，分别介绍台湾有关检验检疫的立法体制以及其商检制度、动植物检疫制度、卫生检疫制度等；第二编有三章，以大陆相关制度作为参照，分析了台湾的商检制度、动植物检疫制度、卫生检疫制度的特点，以加深读者对台湾相关制度的了解。
附录部分，选录了台湾方面出入境检验检疫工作所要遵循的最基本法规，计111件。由于台湾相关法规变动比较频繁，《海峡两岸检验检疫制度研究》所收录的截止日期为2008年1月31日。读者在使用时，请注意其内容的最新变化。
另外，为了保持台湾法规的资料作用，我们在收录时基本上保持其法规文本的原样，并未对其中敏感性用词进行处理，特此说明。