《新古典经济学价值理论批判》共分四大部分：第一部分就是第一章，从当代中国需要加强理论经济学研究入手，以马克思和熊彼特为理论经济学研究的典范，指出新古典经济学是当代经济学基础理论之一，如果没有对新古典经济学的精准理解，就难以把握现代经济学各种流派。价值理论是新古典经济学的基础理论。从理论创新的高度出发，既要客观公正地肯定新古典经济学价值论的理论贡献，又要清醒地认识到其内在缺陷。该部分为后面章节的展开作了理论铺垫。
第二部分包括第二章至第七章，论文试图站在当代人文社会科学的高度，从认真研读新古典经济学大师原著入手，以新古典经济学价值论需要、财货、边际效用、需求、生产和一般均衡等理论范畴为例，具体剖析了新古典经济学价值理论在经济分析历史中的理论功绩和内在逻辑缺陷。
第三部分包括第八章，论文通过比较研究，分析了新古典经济学价值理论与牛顿自然哲学观之间的内在联系后，得出结论：新古典经济学价值理论是在牛顿自然哲学观指导下建立起来的。这部分是对前面章节的提炼和深化。
第四部分就是第九章，对新古典经济学价值论进行总结性地批判，指出它是经济分析历史链条中的一个重要环节：新古典经济学价值理论对当代经济学研究产生了巨大影响，但价值理论必须建立在社会关系而非单个个人基础之上；新古典经济学价值理论的实质是价格理论，它虽然具有较强解释力和逻辑严密的特征，但价格理论并不代表经济学理论的全部，价格也仅仅只是市场调节的一种手段；新古典经济学价值理论追求价值理论的统一性，但一个统一简洁的价值理论深深地打上了十九世纪思想家的思维烙印，从今天来看，更多地具有“乌托邦”色彩；新古典经济学家把数学作为建立价值理论的重要工具，但经济学基础理论的创新必须顽强地面对现实。