《黄帝内经素问校补》所校补的字词，是指按照今传《素问》文本中的文字或《黄帝内经素问校注》等影响较大的几部《素问》校注本的校注，以及中日《内经》训诂校勘派诸家所作《素问》的校勘注释，仍难正确通读《素问》经文者。前人校勘或考释字词的结论正确且已经为今人所普遍接受者，不在《黄帝内经素问校补》校补之列。
《黄帝内经素问校补》所说的《黄帝内经素问》，是指唐代王冰注、宋代高保衡、林亿等校正、孙兆重改误的《重广补注黄帝内经素问》，包括《素问》的经文、王冰的注释及《新校正》的文字。所用《黄帝内经素问》底本，是人民卫生出版社1956年剪贴影印的明代顾从德翻刻宋本。校补各条原文之后用括号标明出处。其中，A、B分别表示上、下栏；其前为页码，其后为行数。如（58A04）表示该条见58页上栏4行。书中不复出注。
《黄帝内经素问校补》所引书证较多，如欲一一标注出处，势有不能。所以，除特殊情况需要标出书证出处的，一般书证概不出注。各书所用版本，以《主要参考文献》形式附录于后，敬请参阅。《主要参考文献》未列出的古籍版本，使用的是《四库全书》本。