《英汉汉英实用现代海关词典(修订版)(精)》正文分两大部分。第一部分为“英汉对照”，从英语查汉语，采用英汉词典的编排形式，词条按英语字母表顺序排列。第二部分为“汉英对照”，从汉语查英语，按海关业务和其他各有关专业进行分类，并以每个词条的首字笔划数从少到多为顺序进行编排。海关业务部分的词条按海关工作的四大任务分为“监管”、“征税、统计”及“查私”3个部分。由于这些部门既有分工而又相互密切联系，因此有些词条的分类很难达到十分精确，只能根据该词条的主要使用范围来分类。
为了方便查阅，“英汉对照”部分大多数词条均按照该词条的中心词的开头字母在英语字母表中的顺序排列（中心词后标明词类），与中心词有关的术语、词组、短语、缩略词、组织机构名称、法律法规名称或例句等则排列在下面。其余单列的词条（包含术语、词组、短语、缩略词、组织机构名称、法律法规名称等）则以其首词的开头字母在英语字母表中的顺序排列（如词条是单词的话，则在其后标明该词的词类）。