《环境科学与工程系列规划教材•环境分子生物学教程》分为上下两篇，上篇为分子生物学基础，包括核酸的组成与结构、基因与基因组、DNA复制、基因的转录、蛋白质的生物合成和基因表达调控等六章。下篇为环境微生物研究技术，包括基因克隆与DNA分析、测序与诱变、基因转移、环境微生物的分子分类、环境微生物多样性分析、环境微生物基因组和蛋白质组分析及环境微生物群落结构和动态研究等七章。