《区域技术创新生态系统绩效评价研究》共由7章构成，除第1章是导言之外，分为三部分进行讨论：第一部分为区域技术创新生态系统的概念界定，由第2章构成。主要阐述了区域技术创新生态系统的概念。在研究区域的定义与分类的基础上，确定《区域技术创新生态系统绩效评价研究》区域的概念与边界。分析了区域技术创新系统的生态特征，探讨了区域技术创新生态系统的运行机制和过程目标与结果目标。
第二部分为区域技术创新生态系统绩效的研究，由第3章和第4章构成。首先研究绩效的概念，从多学科角度分析和解释区域技术创新生态系统绩效的内涵，提出区域技术创新生态系统绩效概念，并依据过程目标和结果目标将区域技术创新生态系统绩效分为过程绩效和结果绩效；利用物理学“熵”的概念，探讨区域技术创新绩效熵的概念与构成，提出区域技术创新生态系统绩效熵减少模式。依据软系统分析方法的步骤，根据评价指标体系的构建原则创建区域技术创新生态系统结果绩效评价指标体系。
第三部分为实证分析，由第5章、第6章和第7章构成。应用数据包络分析方法、熵值法、投影寻踪方法对区域技术创新生态系统绩效进行了研究。根据生态系统群落、种群的概念，应用数据包络分析方法对30个区域的技术创新投入产出数据进行技术创新过程绩效分析，并揭示影响绩效高低的主要因素，探讨了制药业技术创新过程绩效以及制药业企业间的关系。采用熵值法和投影寻踪模型对30个区域技术创新生态系统结果绩效进行了分析。利用非参数统计方法对熵值法、投影寻踪方法的计算结果进行了验证。