《当代东南亚海盗研究》研究的对象是活跃在马六甲海峡和南中国海的东南亚海盗。第一章导论，介绍海盗的定义、数据来源、研究方法以及《当代东南亚海盗研究》的主要内容。第二章海盗与海上贸易，回顾东南亚海盗与海上贸易的历史。第三章海盗与现代海运业，指出现代海运业是海盗的直接受害者，当代海运业存在的固有的问题，如“方便旗”制度等，是造成海盗猖獗的外部原因之一。第四章海盗与沿岸国家，概述了东南亚海盗发展的四个时期，分析了海盗与沿岸国政治经济发展的关系。认为海盗产生的深层原因，在于沿岸国的政治经济问题。第五章打击海盗的国际合作，探讨了沿岸国打击海盗的存在的问题、日本的打击海盗的动议、中国的反应，以及区域和国际组织的打击海盗的措施等。第六章海盗与海上恐怖主义，探讨了海上恐怖主义的定义，海上恐怖主义的特点，东南亚恐怖组织，“9·11”事件后美国的动议，国际海上组织的打击海盗的措施等等。第七章比较在不同历史时期东南亚海盗的基本特征及其海盗猖獗的历史原因，揭示东南亚海盗泛滥的历史规律和发展趋势，及其国际合作打击和遏制海盗的基本经验。